Детектив Конан: Алое алиби

События сериала сосредоточены на девушке по имени Ноль Два, чье имя представляет собой специальный код, используемый в ее окружении. В начале повествования у главной героини наблюдаются проблемы с памятью неизвестного происхождения. Она помнит только факт своего заточения, но не может восстановить события, предшествовавшие заключению. В ее памяти периодически возникают фрагменты воспоминаний о женщине, выполнявшей роль матери и оказавшей значительное влияние на формирование ее личности.

Со временем у Ноль Два появляются воспоминания о книге с иллюстрациями, которую принесла эта женщина. В ходе развития сюжета раскрывается, что несколько лет назад над героиней проводились нестандартные эксперименты в лаборатории под названием "Сад". В этой лаборатории Ноль Два встречает мальчика по имени Хиро, имеющего код Ноль Шестнадцать. Они совместно предпринимают попытку побега из лаборатории.

Побег оказывается неудачным - их задерживают практически сразу. В этот момент Хиро дает обещание жениться на Ноль Два. Однако после поимки беглецам полностью стирают память, в результате чего они забывают друг о друге. В дальнейшем Ноль Два начинает постепенно вспоминать человека, который был ей дорог, и принимает решение найти его любыми доступными способами.