Восемьдесят шесть

События происходят в будущем, когда человечество освоило космическое пространство. После войны с расой гигантов Зентради люди стремятся поддерживать мирные отношения с инопланетными цивилизациями. Главный персонаж Алто Сайянаги обучается на пилота и планирует связать жизнь с космическими полетами. Его обычная жизнь меняется после встречи с певицей Шерил Ном, прибывшей на планету Макросс Фронтир для проведения концерта.

Вскоре после этого космическая колония подвергается нападению неизвестных кораблей. Алто вместе с другими пилотами присоединяется к военным операциям по защите поселения. В ходе боевых действий он знакомится с Ранкой Ли - девушкой, обладающей необычными вокальными способностями. Совместно с Шерил и другими союзниками персонажи участвуют в космических сражениях, защищая колонию от продолжающихся атак.

По мере развития конфликта Алто сталкивается с необходимостью принимать решения, касающиеся его прошлого и будущего. Одновременно развиваются его взаимоотношения с Шерил и Ранкой. Сюжет затрагивает темы военных действий в космосе, значение музыки в межрасовых отношениях и личный выбор персонажей в условиях внешней угрозы.