Юкитэру Амано — старшеклассник, испытывающий трудности в общении со сверстниками. Для анализа социальных взаимодействий он систематически записывает наблюдения за окружающими в электронный дневник на мобильном устройстве. Чтобы компенсировать отсутствие реальных социальных связей, юноша создаёт воображаемого компаньона по имени "Деус Экс Машина", наделяя его способностями к манипуляции временем и пространством.
Внезапно воображаемый entity обретает самостоятельное сознание и предоставляет Юкитэру модифицированную версию дневника. Новый функционал позволяет фиксировать не только текущие события, но и точно предсказывать будущее. Используя эти возможности, главный герой начинает корректировать повседневные ситуации в свою пользу, постепенно меняя качество социальной жизни.
В процессе использования дневника выясняется, что аналогичные устройства были распределены среди других учащихся. Между владельцами специальных дневников начинается конкурентное взаимодействие, где конечной целью становится получение статуса преемника Деуса. Развитие сюжета сосредоточено на стратегическом противостоянии участников, использующих предсказания будущего для достижения преимущества.
